Biogas yang mengalir di dalam saluran pipa menyerap uap air yang terkondensasi di dalam pipa. Jika tidak dibuang secara reguler, air dapat menyumbat saluran pipa dan aliran gas.

Jika ini terjadi, api biogas di kompor akan terlihat kekuningan untuk waktu yang cukup lama hingga konsentrasi air mencapai tingkat tertentu. Jika dibiarkan, akan berakibat gas yang tidak bisa dinyalakan sama sekali. Untuk alasan itulah water drain dipasang di dalam saluran pipa.

Fungsi utama dari water drain adalah untuk mengumpulkan dan menahan butiran air dan uap di dalam saluran pipa, sehingga memastikan aliran gas tetap stabil. Setelah beberapa waktu, water drain akan penuh. Air pada water drain harus dibuang secara rutin.